Казалось бы простая процедура: IP — DNS

Далее указываем сам сервер и ставим отметку проверки сертификата.
В качестве DNS можно указать не только от Google 8.8.8.8 и 8.8.4.4, но и от CloudFlare:
Стандартные (скорость и приватность):
1.1.1.1 1.0.0.1
Для блокировки вредоносного ПО:
1.1.1.2 1.0.0.2
Для блокировки вредоносного ПО и контента для взрослых:
1.1.1.3 1.0.0.3
Запрос к DoH:
https://1.1.1.1/dns-query
Но Mikrotik не подкидывает сам сертификаты, надо ему указать.
Если указать DigiCert Global Root CA, то этого будет мало, надо пачку корневых сертификатов установить.
Гуляя по интеренету был найден адрес с полным пакетом сертификатов.
Теперь загружаем в Winbox через файлы cacert.pem, потом System — Certificate — Import

Очищам кеш DNS и можно радоваться, в логах больше нет:
DoH server connection error: SSL: handshake failed: unable to get local issuer certificate (6)
Проверить результат можно тут.